Pokoknya boleh dijangkiti penyakit yang disebabkan kulat, bakteria dan virus yang boleh menyebabkan paksi tengah pokok menjadi busuk, batang menjadi reput dan berdaun kuning. Kulat juga boleh membunuh pokok kelapa. Perosak yang paling besar adalah kumbang badak dan kumbang hitam. Buah kelapa dimakan tupai dan di sesetengah tempat buahnya dimakan ketam kelapa.